Health authorities in South Africa announced a higher increase rate of SARS-CoV-2 infections due to a separately evolved new strain of the virus, given the temporary name '501Y.V2' (second version, V2, of the N501Y virus, appeared last week in the UK, see also link [1]. listed blow). The news has been confirmed by the Public Health England which announced at least two Covid-19 cases deemed to have been infected by new strain during their late visit to South Africa.

أعلنت مصالح الصحة العامة في جنوب إفريقيا أنه تم رصد زيادة كبيرة في معدل الإصابة بسلالة متطفرة جديدة تطورت بشكل منفصل من فيروس كوفيد و التي سميت مؤقتا بـ '501Y.V2' (إشارة إلى أن هذه السلالة تمثل النسخة 2 من السلالة التي ظهرت مؤخرا في جنوب بريطانيا حيث أنها هي الأخرى تحمل الطفرة N501Y، أنظر الرابط .[1] المشار إليه أدناه). تقول المصادر أنه قد تم تأكيد ظهور السلالة '501Y.V2' من طرف مؤسسة بريطانيا للصحة العمومية Public Health England التب أعلنت إكتشافها لحالتين مصابتين بهذه السلالة بعد رجزعهما مءخرا من جنوب إفريقيا.

This variant has the same two important mutations, N501Y and H69/V70 deletion seen in the in UK's variant VUI-202012/01. The variant '501Y.V2' has also been linked to the rapid transmission of the viral infection between people. Otherwise the two new variants are quite different in the other types of mutation.

تحمل هذه السلالة الجديدة '501Y.V2' على الطفرتين المهمتين؛ N501Y و H69/V70 deletion الموجودتين كذلك في السلالة البريطانية VUI-202012/01. هذا بالإضافة إلى أن السلالة الجديدة تم ربطها بظاهرة الإنتقال/العدوى السريع بين الأفراد رغم أن السلالتين يختلفان كثيرا في طبيعة الطفرات العديدة الأخرى.

Like the VUI-202012/01, the new version of the virus, '501Y.V2', bears also a big number of mutations more than 20 mutation a large number of in the Spike protein responsible for binding with the ACE2 receptor at the level of lung cells in infected patients.

مثل السلالة البريطانية VUI-202012/01، النسخة الجديدة من الفيروس، '501Y.V2'، تشتمل على عدد كبير من الطفرات تصل إلى أكثر من عشرين (20) طفرة العديد منها على مستوى المورثة المُشفِّرة للبروتين الشوكي المسؤول عن الإرتباط بـ المستقبل ACE2 المتواجد على مستوى خلايا الرئة لدى الأشخاص المصابين.

The high number of mutations in both of the new variant are of big concern to the scientific community as the rate of mutation pick up has been relatively low about 2 mutations per month. However, still there are no indications that such new strains are resulting in a change of the nature of the Covid-19 disease such as of becoming stronger or dramatically needing a different treatment protocol.

العدد الهائل من الطفرات التي ظهرت في كلا السلالتين هو مثار قلق و اهتمام كبير لدى المجتمع العلمي خاصة وأن معدل الطفرات المُعْتَمَدة (من قِبَل الفيروس) كان منخفظا نسبيا بلغ حوالي طفرتني (2) كل شهر. في المقابل ليست هناك مؤشرات حول إمكانية السلالتين على إمكانية التغيير من طبيعة مرض كوفيد-19 كأن يصبح أكثر شراسة أو يحتاج إلى تعديل جذري في البروتوكول العلاجي.

Both of the new variants are not expected to impact greatly the effectiveness of the vaccines since the human immune system, upon successful vaccination, is expected to generate families of different kinds of antibodies specific to different molecular signatures from the Spike protein (see post link [2] attached below), that means only those antibodies carrying epitopes related to the regions where N501Y and H69/V70 happened will be compromised which would represent a small percentage from the rest of types of anybodies specific in disrupting the Spike protein at different regions leading, of course, to preventing the virus from attaching to the ACE2 and hence no entry to the cells inside is granted to the virus.

However some higher level of association to infection of 'young adults' caused by the new strains, especially the 501Y.V2 has been suspected. This association needs more investigation to be established as a true clinical concern.

لا يتوقع أن يكون لظهور هذين السلالتين تأثيرا كبيرا على فعالية اللقاحات الجاري التطعيم بها و ذلك لأن الجهاز المناعي للإنسان، وبعد التطعيم الناجح، يُتَوَقّع أن ينتج عائلات متنوعة من الأجسام المضادة متخصصة في بصمات جُزَيْئِية مختلفة، أي مأخوذة/مَقْرُوءة من مواقع مختلفة، من البروتين الشوكي (أنظر المنشور على الرابط [2] المرفق أدناه)، و هذا يعني أن الأجسام المضادة التي تفقد فعاليتها هي تلك التي تحمل بصمات تتعلق بالمواقع التي حدثت فيها الطفرات N501Y و H69/V70 و هذه نسبتها تكون أقل بكثير من جملة الأجسام المضادة الأخرى المتخصصة في تدمير البروتين الشوكي في مواقع أخرى كثيرة مؤدية بذلك إلى حرمان الفيروس من الإرتباط بالمستقبلات ACE2 و عدم الولج بالتالي إلى داخل الخلايا.

في المقابل هناك شكوك قوية على وجود علاقة بين ظهور السلالتين، خاصة 501Y.V2، و إرتفاع الإصابة في أوساط فئة الشباب. هذه العلاقة في حاجة إلى المزيد من التحري للتبين من مدى صحتها.

Additionally, the SARS-CoV-2 variants bearing the mutations H69/V70 deletion, where the Spike protein is short of Histidine 69 and Valine 70, have been linked to a detectable impact on the accuracy of 'S gene target diagnostic assays' (one of the assays methods) termed S-gene target failure (SGTF). More research both fundamental and Clinical/Medical is needed to confirm the finding and seek solutions to.

بالإضافة إلى ذلك، فإن متغير فيروس كورونا SARS-CoV-2 و الحامل لطفرة الحذف H69/V70[*] قد تم ربطه بظاهرة ضعف دقة الكشف عن S-gene (أحد طرق الكشف عن الفيروس). يدعى هذا بفشل الهدف S-gene أو (SGTF). المزيد من البحث على المستوى الأساسي و االإكلينيكي ضروري للتبين من هذه الظاهرة و إيجاد الحلول الملائمة لها.

[*] حيث يقصر البروتين الشوكي طولا بفقدان حمضين أمينين هستدين 69 وفالين 70.

These new variants of SARS-CoV-2, important at least at the epidemiology level, have been discovered in both countries; the UK and South Africa by health authorities doing regular 'whole genome sequencing' from the swabs/samples taken from Covid-19 patients and/or victims.

هذه المتحورات الجديدة لفيروس كورونا SARS-CoV-2، و التي لها أهمية على الأقل على مستوى علم الأوبئة، تم اكتشافها في كل من بريطانيا و جنوب إفريقيا، كنتيجة للقيام بالتحليل الجينومي للفيروس من عينات من مرضى كوفيد-19.

These critical discoveries of the new variants with potential impact on society and public health are great witness to the importance of doing even more whole genome sequences of the continually evolving SARS-CoV-2 virus while it keeps responding to the immunity pressure mounted by the bodies of the patients. Such selective immunity pressure will grow greater as people get vaccinated necessitating further vigilance against the virus evolution.

هذه الاكتشافات المهمة للمتغيرات الجديدة ذات التأثير المحتمل على المجتمع والصحة العامة هي شاهد كبير على أهمية القيام بمزيد من مشاريع الحصول على تسلسل الجينوم الكامل لفيروس SARS-CoV-2 الخاضع بوضوح للتطور المتواصل بينما يستمر في الاستجابة لضغط المناعة الذي تفرضه مقاومة أجسام المرضى. سوف يزداد ضغط المناعة الانتقائي هذا كلما تم تطعيم الناس مما يستلزم مزيدًا من اليقظة ضد تطور الفيروس.

For more in the subject, consult the following links:

للمزيد من التفاصيل في الموضوع، تابع الروابط التالية:

🖝 Genome Sequence of a SARS-CoV-2 VUI 202012/01 Strain Identified from a Patient Returning from London, England, to the Apulia Region of Italy

🖝 The new UK coronavirus mutations, explained

🖝 No Evidence That 501.V2 Variant Is More Dangerous Than Uk Variant

🖝 After UK, South Africa Identifies New Covid Strain Causing Surge In Cases

🖝 Coronavirus variant first detected in South Africa identified in Britain

See also international organization sources:

أنظر كذلك مصادر المؤسسات الدولية:

🖝 The European Center for Disease Prevention and Control

🖝 The World Health Organization

أزكى التحيات .. . .. . .. . .. . .. .. . .. . .. . .. .. . .. .. . .. . .. . .. . .. . .. .. . .. .. . .. . .. Best of regards

  Author:  A. Rachedi
  E-mail:   rachedi@bioinformaticstools.org
  Date:      - 27 December 2020

Images: