سلالة جديدة VUI-202012/01 من فيروس كورونا تظهر في بريطانيا ..
VUI-202012/01 a new coronavirus variant identified in UK ..

سلالة جديدة من فيروس كورونا ظهرت في بريطانيا ثم في بلجيكا، هوبلندا و الدنيمارك .. تبدو السلالة أنها سريعة الإنتشار بحوالي 70% بالمقارنة مع الحالية كما أن عدد الإصابات يسجل معدلات غير معتادة. و يبدو أن الفيروس في صورته الجديدة لا يحتاج جرعة فيروسية عالية لتحقق الإصابة بالمقارنة إلى السلالة المعهودة هذا وإن لم يثبت بعد مدى تأثيرها على معدلات الموت و درجة الفتك و الخطورة والتي لا تختلف بينهما إلى الآن.

UK has announced the appearance of a new variant/strain of SARS-CoV-2 virus which spread out faster by a 70% more compared to the known strain of coronavirus. The new variant seem to have already moved, though limited still, to Belgium, Netherlands and Denmark and other regions. The new strain seems able to cause infection with a lower viral load which makes potentially easily transmissible and more contagious. however, there's no evidence that this new virus is more deadlier nor is able to worsen the nature of the COVID-19 disease.

هذا الوضع الصعب و المقلق أدى ببريطانيا إلا الإسراع بوضع إجراءات وقائية حازمة جديدة وصلت إلى الدرجة الرابعة من التأهب Tier 4 Restriction في محاولة لإحتواء الفيروس الجديد و التحكم في آثاره. كما أدت إلى إجراءات ضد السفر إلى بريطانيا من طرف العديد من الدول الأوروبية و غيرها ..

هذه السلالة سميت "مؤقتا" بـ VUI-202012/01 (أول سلالة-تحت-البحث الشهر 12 لعام 2020 the first “Variant Under Investigation” in December 2020 )، يجدر الذكر أن سلسلة الجينوم لهذه السلالة ينتمي في شجرة النسب إلى B.1.1.7 lineage حيث يمكن الإشارة لهذه السلالة من SARS-CoV-2 بـ السلالة B.1.1.7./div>

This drastically unexpected and difficult condition has brought even tougher closure measures; a Tier 4 Restrictions, taken up by the British government in order to contain the new virus and limit it's impact. It also triggered new flight bans to and from Britain by a number of European and non European countries.

This new variant has been dubbed with the short name 'VUI-202012/01' which simply means " the first “Variant Under Investigation” in December 2020 ". The genome sequence of this .variant belongs to the viral B.1.1.7 lineage

ما يميز هذه السلالة على المستوى الجينومي هو اشتمالها على 17 إلى 23 طفرة منها طفرة واحدة مهمة على مستوى البروتين الشوكي Spike protein الذي يستخدمه الفيروس في الإرتباط بالمستقبل ACE2 المتواجد على مستوى العديد من الأنسجة و التي من بينها الرئة.

الطفرة النوعية وهي N501Y حدثت على مستوى البروتين الشوكي Spike protein تتمثل في تحول الحمض الأميني أسبرجين Asparagine أو N إلى الأحمض الأميني تيروسين Tyrosine أو Y في الموقع 501 على طول سلسلة متعدد البيبتيد المؤلفة للبروتين الشوكي. هذا بالإضافة إلى 'طفرة حذف'، H69/V70 deletion، والتي أدت إلى حذف الحمضين الأمينيين هيسدين 69 و فالين 70 من البروتين الشوكي.

On the viral genomic level, this variant is characterized by 17 to 23 new mutations of which one seems important as is the Spike protein coding region. The Spike protein is the molecular machinery used by the virus to bind with the host's ACE2 receptor and gain access to internal cellular environment.

The mutation on the Spike protein is denoted as N501Y which is responsible for altering the amino acid Asparagine 'N' into Tyrosine 'Y' at the position 501 along the polypeptide chain of the Spike protein. A second important mutation denoted as H69/V70 deletion that resulted in Spike protein loosing two amino acids Histidine 69 and Valine 70.

تم تأكيد وجود ظهور هذه السلالة الجديد و الطفرات التي يحويها الجينوم الجديد عن طريق المجمع الجينومي البريطاني Covid-19 Genomics UK (COG-UK) consortium وهذا بعد القيام بتسلسلات جينومية عشوائية على الحالات المرضية من كوفيد-19 التي انتشرت في عموم لندن و الجنوب_الشرقي لـِ إنجليترا في سبتمبر الأخير 2020.

البحث لا يزال جاريا حول التأثير الجزيئي لهذا التحول على مستوى البروتين الشوكي ولكن قد يكون له علاقة بقوة أو تسهيل إرتباط الفيروس بخلايا الهدف ما يفسر سرعة إنتشار المرض و "عدم الحاجة إلى التركيز العالي" من جزيئات السلالة الجديدة من الفيروس لإحداث الإصابة !!

The discovery of this new SARS-CoV-2 strain has been done and confirmed through the actual genomic sequencing and analysis research work carried out by the Covid-19 Genomics (COG-UK) consortium as a respond to trying to understand the strange rise of infection levels by COVID-19 diseases in London and southeast region of England in September 2020.

Research is still undergoing to understand the molecular level effect of this Spike protein mutation. It seems that such kind of a mutation would have influence on the binding of the virus on the host cells which may explain the spread speed of this variant and what it seems its low viral dose needed for causing infection.

للمزيد في الموضوع، أنظر رابط المجلة الطبية البريطانية Medical Journal BMJ - British :

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK

أنظر كذلك موقع منظمة الصحة العالمية: .. See the link from WHO

COVID-19 - United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland

لا يتوقع أن تؤثر هذه السلالة الجديدة من فيروس SARS-CoV-2 كثيرا على مدى نجاعة اللقاحات المتوفرة حاليا.

The new SARS-CoV-2 variant is not expected to have significat effect on the efficacity of the vaccines.

أنظر، في الأخبار، كذلك إلى:
On the news, see the article:

Mutant virus... or Project Tier?



أزكى التحيات

  Author:  A. Rachedi
  E-mail:   rachedi@bioinformaticstools.org
  Date:      - 21 December 2020

Images:
Image 1.
Image 1.
Image 2.
Image 2.
Image 3.
Image 3.