It's now possible to explore and even download the complete genome of the new Coronavirus 2019-nCoV from the bioinformatics data annotators and disseminators; the UniProt/EMBL and the NCBI bearing the title: Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome.

أصبح الأن ممكنا الإطلاع وحتى تحميل الجينوم الكامل لفيروس الكورونا الجديد 2019-nCoV وذلك من مصدرين متخصصين في مجال نشر المعلومات البيولوجية؛ UniProt و NCBI. الجينوم معنون بـِ:

Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome

The Complete Genome is available from the following sources:

سلسلة الجينوم الكامل وبياناته متوافرة من المصادر التالية:

1.The European Nucleotide Archive (ENA) at the European Molecular Biology Laboraory, link below:

الموقع الأوروبي لأرشيف النيوكليوتيدات The European Nucleotide Archive (ENA)، القسم الخاص بالبيانات الخاصة بالإحماض النووية، EMBL على الرابط المباشر:

🖝 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/api/embl/MN908947.3

2. The Genbank database at the NatioCenter for Biotechnology Information, link below:

الموقغ الأمريكي NCBI المتخصص في بيانات الأحماض النووية، الجينات والجينومات على الرابط المباشر:

🖝 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/NC_045512

The first image, below, a composite screenshot depicting the title and size of the genome (in red) and the first 660 nucleotides of the genome .. the 29903 bases long sequence are available as mentioned above.

الصورة الأولي، أدناه، تبين إقتطاع صغير جدا للبيانات الجينومية تؤشر بالأحمر على عنوان الجينوم وحجمه وبالأخضرإطار حول النيكليوتيدات 660 الأولى للجينوم الذي يصل طوله إلى 29903 نيوكليوتيد .. (السلسلة الكاملة على أي من الرابطين أعلاه).

Points that can be drawn about this genome:

تُبـيّنُ بيانات سلسلة الجينوم لـِ كوكرونا 2019-nCoV ما يلي:

1 - This virus hold the largest genome among the coronaviruses so far with the volume of about 30 Kilobase (29903 base). The genome contain about 13-14 genes coding for viral proteins.

أن هذا الفيروس يمتلك أكبر جينوم لفيروس من نوعه حيث يصل حجمه إلى حوالي 30 ألف نيوكلوتيدة ، أو 30Kilobase، يضم حوالي 13-14 جينة مشفرة لبروتينات فيروسية.

2- This genome is RNA based which means it's a Ribovirus.

أن هذا الجينوم يتألف من الأحماض النووية الريبية RNA أي أن هذا الفيروس هو من النوع الفيروس-الريبي أو Ribovirus.

3 - This genome is a Single Stranded RNA, ssRNA.

يتألف الجينوم هذا من سلسلة خطية أحادية الجديلة، Single Stranded RNA أو ssRNA.

4 - The ssRNA genome of the 2019-nCoV is positive, (+) , or sense strand which can readily be translated into its products of viral proteins that is it acts like a matured mRNA ; that means this type of viruses do not need to package an RNA polymerase (in contrast, viruses with a negative, (-) , or antisense need to first create their specific mRNA to generate their proteins needed for the invasion).

Perhaps this feature is one of the reasons behind its quick and strong contamination capability.

جينوم هذا الفيروس هوعبارة عن حمض نووي ريبي ' إيجابي أو (+) أو positive أو sense strand ' النوع والذي يعني أنه يترجم إلى بروتينات بشكل مباشر وكأنه mRNA. هذا يعني كدلك أن هذا الفيروس ليس في حاجة إلى إنزيم RNA polymerase الذي يحتاجه الجينوم الريبي ' السلبي أو (-) أو negative أو antisense strand ' ليصنع mRNA خاصا به قبل أن يبدأ في إنتاج البروتينات اللازمة للعدوى.

لعل هذه الخاصية هي أحد المميزات المهمة التي تمكن هذا الفيروس الجديد من العدوى السريعة والفوية.

While the world struggles to find a strategy for controlling the epidemic proportions of the virus which has killed more than 1400 person and reached 60000 plus infection cases most are China based, this complete genome data of the virus and related structural/functional insights like late 3D-structures work (reported in the late post shown in the immediate link) would very much help clarifying the best strategies to fight the sweeping infection and/or help in the rational drug design of new drugs or vaccines against the virus.

في مواجهة القلق العالمي حول مدى إمكانية التحكم في هذا الوباء الذي قتل إلى يومنا هذا أزيد من 1400 شخص وبلغت أعداد الإصابات إلى أزيد من 60000 حالة مؤكدة أعلبها في الصين، فإن لتفاصيل الجينوم والبروتنات المولدة منه وكذا التراكيب الفراغية لها ما أمكن (مثل ما أُشِير إليه في المنشور السابق؛ أنظر الرابط الموالي) يعول عليها في إيجاد وتصميم الأدوية واللقاحات الملائمة لكبح جماح الفيروس.

🖝 Refer to article

التركيب الفراغي لإنزيم 'بروتياز' من فيروس كورونا الجديد .. New Coronavirus Protease Structure

Why is the name of 'Coronavirus' for this family of viruses ?

لماذا سمي هذا النوع من الفيروسات بـ كورونا Coronaviruses ؟

This coat of this type of viruses is decorated with complex molecular projections reminds of the solar corona hence the name 'Corona'-viruses, see attached below the images 4 and 5.

هذا النوع من الفيروسات يحمل نتوءات تغطي علاقه الخارجي تشبه إندفاعات بلازما الشمس المعروفة بـ هالة الشمس أو The Solar Corona أي إنها ' الفيروسات ذات الهالة ' كما توضح الصور الرابعة و الخامسة.

For more details in the subject, follow the links:

للمزيد من التفاصيل تابع الروابط التالية:

🖝 SARS-CoV-2 (Coronavirus) - UniProtKB acts to serve community need

🖝 Coronavirus outbreak: Live Updates

🖝 The Novel Coronavirus, 2019-nCoV, is Highly Contagious and More Infectious Than Initially Estimated

أزكى التحيات .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. . .. All the best

  Author:  A. Rachedi
  E-mail:   rachedi@bioinformaticstools.org
  Date:      - 15 February 2020

Images: