بروتينات تُـشَـفِّـر بروتينات أخرى وتُعَدِّلها أيضا، نحو نظرية جديدة
Proteins code & edit other proteins, a new theory

إنها بوادر لنظرية جديدة تطرح إمكانية البروتينات القيام بالتشفير وتحرير بروتينات أخرى !!

It's a new theory in the making that talks about the possibility of proteins to code and edit other proteins ! .

يعتمد هذا الطرح على مجموعة من الدراسات، مثل المتوفرة عبر الرابط الأول أدناه، والتي تتناول طريقة عمل المعقد Rqcp2 أو Ribosome quality control والذي يظهر في الصورة الأولى بالون الأصفر، حيث يقوم بإظافة بيتيد ثنائي يتألف من الألانين Alanine و الثريونين Threonine من دون الإعتماد على شفرة جينية .. تتم هذه الإظافة كآلية لتصحيح في سلسلة متعدد البيبتيد أثناء عملية ترجمة لـِجزيء mRNA إلى ما يمثله من بروتين.

This proposal relies on a number of studies, mentioned in the links below, which dealt with how the complex Rqcp2 (Ribosome quality control), shown in yellow in the first image below, where it adds a dipeptide of Alanine-Threonine without referring to the genetic code .. this is done as a process of correcting the protein sequence resulting from the translation of mRNA.

هذا يعني أن البروتين Rqcp2 يقوم ييناء وتعديل لبروتين بإظافة أحماض أمينية محددة في أماكن معينة بطريقة مستقلة تماما عن أية شفرة جينية ما يدفع إلى تنظير الباحثين بإمكانية البروتينات من تشفير وتحرير البرويتنات.

This type of activity means that Rqcp2 can build and edit proteins by adding 'specific' amino acids at 'specific' locations via a non-coding mechanism the situation that leads to the development of a new theory proposal exploring the concepts behind coding and editing proteins.

هذه النظرية، إن صحت، ستهزّ بعنف المعتقد المعمول به في البيولوجيا الجزيئية (Central Dogma of Molecular Biology) وهو أن الـ DNA يُنسخ أولا إلى RNA والذي بدوره يترجم إلى بروتينات .. أي أن البروتنات لا تُـشـفِّـر أو تُنتج بروتينات أخرى .

وهي كذلك تفتح الأبواب واسعة نحو المزيد من مشاريع البحث في مواضيع طبيعة الشفرة الوراثية وكيفية تشكل الحياة البيولوجية.


Should the theory holds will shake the very foundations of the Central Dogma of Molecular Biology which dictates that it's the DNA that get transcribed into RNA which turn is translated into protein.

This also open the door wide for more research projects into the nature of the genetic code and how the biological life is really born.

يمكن استكشاف أحد التراكيب الفراغية للمعقدمتوفرا على النظام SSFS، قسم البيولوجيا، جامعة سعيدة، الجزائر، على الرابط التالي:

Explore one such complex RQCH-bound-to-50S-Peptidyl-tRNA-RQCP_RQC_Complex:

https://bioinformaticstools.org/ssfs/ssfs.php?qry=7OPE

للمزيد من التفاصيل، تابع الموضوع على الروابط:
For more details, refer to the following links:

🖙  http://europepmc.org/articles/4451101
🖙  https://www.wired.com/2015/01/grawk-proteins-making-proteins/
🖙  https://www.semanticscholar.org/paper/Rqc2p-and-60S-ribosomal-subunits-mediate-elongation-Shen-Park/a4b12c5eb6f01663656b54fc7a934476810895e8
🖙  https://www.nature.com/articles/s41580-019-0118-2

Author:  A. Rachedi
E-mail:   rachedi@bioinformaticstools.org
Date:      - 25 December 2021

Images:
Image 1. " .. DNA is not the only thing in charge of handing out code for proteins. <br> 
						Image from JANET IWASA, PH.D., UNIVERSITY OF UTAH<br>See article: 
						<a href="https://www.wired.com/2015/01/grawk-proteins-making-proteins/" target="_blank">https://www.wired.com/2015/01/grawk-proteins-making-proteins/</a> "
Image 1." DNA isn't the only thing in charge of handing out code for proteins .. "
Image 2. " RQCP_RQC_Complex .. PDB id: 7ope (as provided by SSFS tool)<br>See: 
				<a href="https://bioinformaticstools.org/ssfs/ssfs.php?qry=7OPE" target="_blank">
				https://bioinformaticstools.org/ssfs/ssfs.php?qry=7OPE</a> "
Image 2." RQCP_RQC_Complex .. "

				<div dir="auto" style="text-align: start;">
				Image 3. " 
				CryoEM reconstructions of peptidyl-tRNA-60S ribosomes bound by the RQC components Rqc2p and Ltn1p<br>
			    <b>A.</b> A peptidyl-tRNA-60S complex isolated by immunoprecipitation of Rqc1p. The ribosome density is transparent to visualize the nascent chain.<br> 
			    <b>B.</b> Rqc2p (purple) and an ~A-site tRNA (yellow) bound to peptidyl-tRNA-60S complexes. Landmarks indicated (L1, L1 stalk; SB, P-stalk base). <br>
				<b>C.</b> Ltn1p (tan) bound to Rqc2p-peptidyl-tRNA-60S complexes.<br>
				(This is Figure 1 from the paper at: <a href="http://europepmc.org/article/PMC/4451101" target="_blank">
				http://europepmc.org/article/PMC/4451101</a>)"</dir>
Image 3." Peptidyl-tRNA-60S ribosomes bound by the RQC components Rqc2p and Ltn1p .. "
 
						<div dir="auto" style="text-align: start;">
						Image 4. "
						Rqc2p binding to the 60S ribosome, ~P-site and ~A-site tRNAs<br>
						<b>A.</b> Rqc2p contacts ~P- and ~A-site tRNAs, the sarcin-ricin loop (SRL) and P-stalk base rRNA (SB).<br>
						<b>B.</b> Rigid body fitting of tRNAs structures (ribbons) into EM densities (mesh).<br>
						(This is Figure 2 from the paper at: <a href="http://europepmc.org/article/PMC/4451101" target="_blank">http://europepmc.org/article/PMC/4451101</a>) 
						"</dir>
Image 4." Rqc2p binding to the 60S ribosome, ~P-site and ~A-site tRNAs .. "