Left-handed G-quadruplex DNA
الـ ح.ن.م.أ (DNA) رباعي-الجدلات-غ يساري التوجه

The familiar structure of the DNA, usually associated with storing the genetic information, is right-handed double helix ..

However, other 3D conformations such as the Quadruplex DNA, have been seen at special locations in human genome and in genomes of other species. This type of DNA structures, where four (4) strands are hydrogen bounded, are very localized at specific points thought involved in the regulation of genes transcription rates, replication and transcription. Refer to the link below for the main research article about the discovery, details and applications, link below:

التركيب الفراغي المعتاد للحمض النووي منقوص الأكسجين - أو ح.ن.م.أ DNA - هو التركيب الحلزوني ثنائي الجديلة وهو عادة يميني التوجه (إتجاه الإلتفاف) Right-handed double helix والمرتبط تنخزين الشفرة الوراثية .. الخ

إلا أن هناك أشكالا فراغية أخرى تأحذها مناطق من الجيينوم البشري وحتى غيره من الجينومات مثل التراكيب ثلاثي وحتى رباعي الجدائل Quadruplex DNA، وهي أجزاء من الجينوم / DNA تقوم بأدوار بيولوجية غير تخزينها للشفرة الوراثية مثل تنظيم معدلات النسخ الجيني والتضاعف والنسخ .. الخ أنظر رابط البحث الأساسي حول هذا الإكتشاف، تفاصيله وتطبيقاته:

🖝 Structure of a left-handed DNA G-quadruplex      --  Image 1  &  Image 2


See also the latest paper in the subject with more twists about more discovered structural .. . .. أنظر كذلك البحث الأخير في الموضوع مع المزيد من الإكتشافات التركيبية ذات العلاقة

🖝 Bulges in left-handed G-quadruplexes      --  Image 3


What's usually known about these types of DNA structures that are usually right handed conformation, however, the surprised discovery, the link above, the quadruplex structure is left handed, see images below.

ما هو معروف عن هذه التراكيب أنها كلها يمينية الإلتفاف ولكن المفاجأة التي يعرضها البحث، على الرابط أدناه أن الـ ح.ن.م.أ رباعي الجدلات يمكنه أن يأخذ إلتفافا يساري التوجه Left-handed G-quadruplex DNA ، أنظر الصور المرفقة أدناه.

Such a distinctive type of a structure has been seen adopted in synthetic sequence in the following order: TGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTGGTGTT or T(GGT)4TG(TGG)3TGTT rich with the Guanine nucleotide for which the G is indicated in the name G-quadruplex.

تم التعرف علي هذا التركيب المتفرد من نوعه في ح.ن.م.أ اصطناعي أو منتج مخبريا لسلسلة أولية تحمل الترتيب التالي: TGGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTGGTGTT أو T(GGT)4TG(TGG)3TGTT وهي سلسلة غنية بقواعد أزونية من نوع الجوانين أو الغوانين Guanine أو ج G المشار إليه في الوسم رباعي-الجدلات-ج G-quadruplex.

The synthesis of these molecules and their associated studies are geared towards a variety of medical and biotechnological applications in addition to the investigational elucidation of the structure-function relationship in biology context.

يتم إنتاج و دراسة مثل هذه الجزيئات الصناعية لأغراض عديدة منها استخدامها في تطبيقات طبية وتكنولوجية باإضافة إلى محاولة فهم كيف تحصل على وظائفها البيولوجية وعلاقة هذه الوطائف بالتركيب الفراغي الذي تتخذه. يمثل إتجاه التفاف جزيئ الـ ح.ن.م.أ أحد العناصر الأساسية في قيامه بأدواره البيولوجية.

🖝 https://www.bioinformaticstools.org/ssfs/ssfs.php?qry=4u5m      --  Image 4


The study in the paper mentioned in the first link above reports the actual 3D-structure calculation by X-ray crystallography that reached a very high resolution of 1.50 Å showing the details of bonding system that stabilize the structure. The structure bears the PDB accession code: 4u5m is available for exploration from the SSFS❇️ tool provided by the Structural Biology & Bioinformatics group, Department of Biology, University of SAIDA at:

موضوع البحث المشار إليه في الرابط الأول أعلاه يعرض التركيب ثلاثي الأبعاد للجزيئ، المتشكل من السسلسلة النيويكليوتيدية الموصوفة أعلاه، والذي تم حسابه بتقنية الحيود البلوري للأشعة السينية بدقة غاية في الدقة وصلت إلى 1.50 أنغستروم تظهر بجلاء نظام الترابطات المثبته للجزيئ. هذا التركيب يحمل الرمز 4u5m في قاعدة_بيانات PDB و هو متوفر للإستكشاف والدرس من التطبيق SSFS❇️ عبر فريق البحث: البيولوجيا_التركيبية و المعلوماتية_الحيوية، قسم البولوجيا، جامعة سعيدة، الجزائر، على الرابط أدناه:

More on the subject of the G-quadruplex DNA, go to the following links:
للمزيد في موضوع الـ ح.ن.م.أ (DNA) رباعي-الجدلات-غ يساري التوجه، تابع الروابط التالية:

🖝 The Structure and Function of DNA G-Quadruplexes

🖝 G-quadruplex

❇️ SSFS: Sequence, Structure and Function Server by the Structural Biology & Bioinformatics Groups, Biology Dept, Faculty of Science, University of Saida, Algeria
نظام: سلسلة التركيب الأولي، التركيب الفراغي و الوظيفة البيولوجية ، فريق البيولوجيا ثلاثية الأبعاد و المعلوماتية الحيوية، قسم البيولوجيا، كلية العلوم، جامعة سعيدة، الجزائر
🖝 SSFS: https://bioinformatics.univ-saida.dz/bit2/?arg=SB3 (on the Bioinformatics server @ University of Saida)

أجمل التحيات                                                         All the best

  Author:  Abdelkrim Rachedi
  E-mail:   rachedi@bioinformaticstools.org
  Date:      - 15 July 2022

Images

Left-handed G-quadruplex DNA
Image 1. Left-handed G-quadruplex DNA

Graphical representation of the Left-handed G-quadruplex DNA
Image 2. Graphical representation of the Left-handed G-quadruplex DNA

Left-handed G-quadruplex DNA with buldge
Image 3. Left-handed G-quadruplex DNA with buldge

Left-handed G-quadruplex DNA in the PDB explored via the SSFS tool
Image 4. Left-handed G-quadruplex DNA in the PDB explored via the SSFS tool