Query:
1mbo .. [
1
] structure entries found and [
1 ]
structural binding motifs.
PDB id
PDB title
Source Organism
Determination Method
Resol. Å / R-factor %
1MBO
Stucture and refinement of oxymyglobin
Physeter catodon
X-ray diffraction
1.6 / 24.3
Chain
Motif/Ligand
Motif_Seq
A
H
.
.
H
H
.
.
H
T
K
F
R
H
T
V
A
L
S
H
H
I
Y
L
I
Protoporphyrin IX Containing Fe
C34 H32 Fe N4 O4
Binding details
Str-Elm
Res Name
Res Nbr
Atom
Lig Chain
Ligand
Ligand Nbr
Atom
Bond Distancs (Å)
Bond type
36-42 H: 1
T
39
CB
A
HEM
155
CBC
3.58
van der Waals
36-42 H: 1
T
39
CG2
A
HEM
155
CBC
3.92
van der Waals
36-42 H: 1
K
42
O
A
HEM
155
CMD
3.43
van der Waals
43 .
F
43
CD1
A
HEM
155
C2D
3.99
van der Waals
43 .
F
43
CD1
A
HEM
155
CMD
3.54
van der Waals
43 .
F
43
CE1
A
HEM
155
CHD
3.66
van der Waals
43 .
F
43
CE1
A
HEM
155
C1D
3.58
van der Waals
43 .
F
43
CE1
A
HEM
155
C2D
3.47
van der Waals
43 .
F
43
CE1
A
HEM
155
CMD
3.49
van der Waals
43 .
F
43
CE2
A
HEM
155
CAC
3.45
van der Waals
43 .
F
43
CZ
A
HEM
155
CHD
3.33
van der Waals
43 .
F
43
CZ
A
HEM
155
C3C
3.86
van der Waals
43 .
F
43
CZ
A
HEM
155
C4C
3.64
van der Waals
43 .
F
43
CZ
A
HEM
155
CAC
3.79
van der Waals
43 .
F
43
CZ
A
HEM
155
C1D
3.73
van der Waals
45 .
R
45
CD
A
HEM
155
CGD
3.67
van der Waals
45 .
R
45
CD
A
HEM
155
O1D
3.91
van der Waals
45 .
R
45
CD
A
HEM
155
O2D
3.66
van der Waals
45 .
R
45
CZ
A
HEM
155
O2D
3.9
van der Waals
45 .
R
45
NH1
A
HEM
155
CGD
3.6
45 .
R
45
NH1
A
HEM
155
O2D
2.88
H.Bond
58-77 H: 1
H
64
CE1
A
HEM
155
CHA
3.68
van der Waals
58-77 H: 1
H
64
CE1
A
HEM
155
C1A
3.68
van der Waals
58-77 H: 1
H
64
CE1
A
HEM
155
C4D
3.82
van der Waals
58-77 H: 1
H
64
CE1
A
HEM
155
NA
3.8
58-77 H: 1
T
67
CG2
A
HEM
155
C2A
3.88
van der Waals
58-77 H: 1
T
67
CG2
A
HEM
155
C3A
3.86
van der Waals
58-77 H: 1
T
67
CG2
A
HEM
155
CMA
3.85
van der Waals
58-77 H: 1
T
67
CG2
A
HEM
155
CAA
3.99
van der Waals
58-77 H: 1
V
68
O
A
HEM
155
CMB
3.69
van der Waals
58-77 H: 1
V
68
CG1
A
HEM
155
C2B
3.79
van der Waals
58-77 H: 1
V
68
CG1
A
HEM
155
C3B
3.91
van der Waals
58-77 H: 1
A
71
CB
A
HEM
155
CMA
3.87
van der Waals
86-95 H: 1
L
89
CD1
A
HEM
155
CHB
3.52
van der Waals
86-95 H: 1
L
89
CD1
A
HEM
155
C4A
3.92
van der Waals
86-95 H: 1
L
89
CD1
A
HEM
155
C1B
3.94
van der Waals
86-95 H: 1
S
92
CB
A
HEM
155
O1A
3.76
van der Waals
86-95 H: 1
S
92
CB
A
HEM
155
O2A
3.48
van der Waals
86-95 H: 1
S
92
OG
A
HEM
155
CGA
3.61
van der Waals
86-95 H: 1
S
92
OG
A
HEM
155
O1A
3.74
H.Bond
86-95 H: 1
S
92
OG
A
HEM
155
O2A
2.74
H.Bond
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
C1C
3.75
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
C4C
3.77
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
NB
3.68
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
NC
3.2
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
ND
3.85
86-95 H: 1
H
93
CD2
A
HEM
155
FE
3.13
Metalic Bond
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
CHB
3.95
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
C1A
3.57
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
C4A
3.52
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
O2A
3.69
van der Waals
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
NA
3.32
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
NB
3.62
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
ND
3.72
86-95 H: 1
H
93
CE1
A
HEM
155
FE
3.04
Metalic Bond
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
CHD
3.98
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C1A
3.81
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C4A
3.72
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C1B
3.71
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C4B
3.79
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C1C
3.76
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C4C
3.74
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C1D
3.71
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
C4D
3.78
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
NA
3.18
H.Bond
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
NB
2.84
H.Bond
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
NC
2.91
H.Bond
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
ND
2.97
H.Bond
86-95 H: 1
H
93
NE2
A
HEM
155
FE
2.07
Metalic Bond
97 .
H
97
CG
A
HEM
155
C2D
3.76
van der Waals
97 .
H
97
CG
A
HEM
155
C3D
3.85
van der Waals
97 .
H
97
ND1
A
HEM
155
C2D
3.87
97 .
H
97
ND1
A
HEM
155
C3D
3.74
97 .
H
97
ND1
A
HEM
155
CAD
3.73
97 .
H
97
CD2
A
HEM
155
O1A
3.79
van der Waals
97 .
H
97
CD2
A
HEM
155
C2D
4
van der Waals
97 .
H
97
CD2
A
HEM
155
C3D
3.77
van der Waals
97 .
H
97
CD2
A
HEM
155
C4D
3.73
van der Waals
97 .
H
97
CE1
A
HEM
155
O1A
3.54
van der Waals
97 .
H
97
CE1
A
HEM
155
C3D
3.61
van der Waals
97 .
H
97
CE1
A
HEM
155
CAD
3.35
van der Waals
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
CHA
3.67
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
CGA
3.52
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
O1A
2.72
H.Bond
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
O2A
3.98
H.Bond
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
C3D
3.64
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
C4D
3.68
97 .
H
97
NE2
A
HEM
155
CAD
3.79
99 .
I
99
CG1
A
HEM
155
CHD
3.91
van der Waals
99 .
I
99
CG1
A
HEM
155
C4C
3.92
van der Waals
99 .
I
99
CG2
A
HEM
155
C2C
3.85
van der Waals
99 .
I
99
CG2
A
HEM
155
C3C
3.87
van der Waals
99 .
I
99
CD1
A
HEM
155
CHD
3.75
van der Waals
99 .
I
99
CD1
A
HEM
155
C3C
3.89
van der Waals
99 .
I
99
CD1
A
HEM
155
C4C
4
van der Waals
99 .
I
99
CD1
A
HEM
155
CAC
3.59
van der Waals
100-118 H: 1
Y
103
O
A
HEM
155
CMC
3.6
van der Waals
100-118 H: 1
Y
103
CD1
A
HEM
155
CBC
3.5
van der Waals
100-118 H: 1
L
104
CD2
A
HEM
155
CHC
3.66
van der Waals
100-118 H: 1
L
104
CD2
A
HEM
155
CMC
3.89
van der Waals
100-118 H: 1
I
107
CG2
A
HEM
155
CAB
3.82
van der Waals